Foi fundado com base no Museu Paranaense (1876), por isso é o terceiro museus mais antigo museu do Brasil no gênero.
Atualmente está dividido em dois setores: um de pesquisa, que tem como função o desenvolvimento de trabalhos científicos, contando com um "acervo" de Aves, Répteis, Mamíferos, Peixes, Anfíbios e Invertebrados e um setor expositivo, aberto ao público em geral, responsável por atender à grupos escolares, escoteiros e professores através de visita orientada.
O Museu de História Natural oferece também empréstimos de livros e kits didáticos a escolas. Ao programar uma visita ao local é importante lembrar que a entrada de qualquer animal no local é proibida.
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